Når mikroorganismer kommer ind i kroppen, reagerer immunsystemet med inflammation. Inflammation kan også opstå uden mikroorganismer, fx ved skader, overbelastninger, slag eller forbrændinger. Inflammation er en nyttig reaktion i kroppen, men ved enkelte sygdomme vil kroppens immunrespons være uhensigtsmæssigt. Disse sygdomme skyldes, at immunsystemet reagerer mod kroppens eget væv. 

Nogle inflammatoriske sygdomme kan maskere sig som en muskuloskeletal problematik. Det vil typisk være rheumatoid arthritis,som hyppigt angriber de perifere led, eller spondylartropatier, som er en samlet betegnelse for en gruppe af inflammatoriske sygdomme i det aksiale skelet.